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自然界中的不同水體是僅次于土壤的第二種微生物天然培養基。水體中的微生物主要來源于土壤，以及人類和動物的排泄物及污染，其種類和數量受各種環境條件的制約。通常對微生物的檢測能夠了解水體是否受到過污染，是否有病原微生物存在，從而評估水體的質量和水質的衛生安全。 對糞便污染指示菌大腸菌群進行定量檢測，可以確定水體是否受到人和其他動物排泄物污染。自然水體中的腐生細菌數與有機物濃度成正比，對腐生細菌數量進行檢測，可以對自然水體的有機污染程度進行判斷，用于對自然水體污染程度的微生物定量檢測。
